Fueron decretadas un 27 de noviembre del 2000 en diferentes categorías de conservación.
Reserva de la Biosfera Barranca de Metztitlán
Sus diversos ecosistemas ricos en flora y fauna silvestre representan un corredor biológico entre la vegetación neártica de la zona norte de México y la vegetación tropical del altiplano central.
La reserva, que abarca 96 mil hectáreas de superficie, ocupa 7 municipios del estado de Hidalgo y está considerada por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO) como zona prioritaria para la conservación. También fue nombrada Sitio Ramsar (humedal de importancia internacional). Se estima que existen 215 especies de aves en el área de influencia de la reserva.
Reserva de la Biosfera Mapimí
Una de las primeras áreas naturales protegidas que fueron reconocidas por la UNESCO, fue establecida con el objeto de proteger y conservar a la tortuga del Bolsón, importante especie endémica en peligro de extinción.
Tiene 342 mil hectáreas de extensión que ocupan parte de Coahuila, Durango y Chihuahua en el Bolsón de Mapimí. Por sus características de aridez y vegetación, contiene ecosistemas representativos del desierto chihuahuense. Hay registradas 270 especies de vertebrados, 36 de reptiles, 28 de mamíferos, 350 de plantas y cerca de 200 especies de aves.
Reserva de la Biosfera Islas Marías
Esta reserva es un archipiélago de 4 islas cuyos ecosistemas presentan una gran diversidad de especies; expresa su riqueza biológica en sus manglares, matorrales, arrecifes y costas, que funcionan como reservorio de especies endémicas (exclusivas de México) y como sitio de refugio y anidación de grandes colonias de aves marinas.
Tiene 641 mil hectáreas de extensión frente a las costas de Nayarit, en las que se protege a 54 especies de fauna terrestre y marina bajo alguna categoría de riesgo, 19 de ellas endémicas. Paralelamente, en su medio marino hay una gran variedad de peces y organismos.
Reserva de la Biosfera Ría Celestún
Por sus condiciones geográficas y climáticas, representa el principal sitio de anidación de flamenco en México. Además, es una zona ecológica crítica para la reproducción de otras 280 especies de aves, así como una de las áreas de refugio de las 30 mil aves acuáticas migratorias que arriban en invierno a nuestro país.
Ría Celestún se localiza en el extremo noroccidental de la Península de Yucatán y tiene una superficie de 81 mil hectáreas en los municipios de Celestún y Maxcanú.
Reserva de la Biosfera El Ocote
La selva El Ocote en Chiapas, los Chimalapas en Oaxaca y Uxpanapa en Veracruz, son consideradas como una de las áreas de mayor superficie continua de selva tropical húmeda en Mesoamérica. Su ubicación biológica privilegiada contiene una gran diversidad de especies y constituye un banco de recursos genéticos de incalculable valor para la humanidad. Comprende 48 mil hectáreas en los municipios de Ocozocuautla de Espinosa y Tecpatán. Se estima que la fauna de la reserva El Ocote sobrepasa las 500 especies de vertebrados superiores, cerca de 350 especies de aves y 3,000 especies de artrópodos.
Parque Nacional Sierra de Órganos
Emblema natural de Zacatecas aporta un 30% de las especies exclusivas de México. Ubicado en el municipio zacatecano de Sombrerete, este parque es refugio de las aves migratorias que viajan durante el invierno desde Canadá y Estados Unidos hacia el sur del continente americano. En Sierra de Órganos, cuya superficie alcanza 1,125 hectáreas, abundan las formaciones de roca volcánica generadas por factores climáticos y geológicos a lo largo de los siglos. Cuenta con 65 especies de aves, 406 de flora y 32 especies de mamíferos, entre otras.
Parque Nacional Desierto de Los Leones
Abarca cerca de 1,529 hectáreas en las delegaciones Álvaro Obregón y Cuajimalpa de la Ciudad de México. Cuenta con bosques de oyamel, pino y encino que conforman un corredor biológico para la fauna silvestre del Estado de México y la Sierra de las Cruces.
Se han reportado 57 familias de vertebrados, de las cuales tres corresponden a anfibios, cinco a reptiles, 35 a aves y 14 a mamíferos; existen también 392 especies de flora. Dentro del parque se distribuyen al menos 15 especies en alguna categoría de riesgo (amenazadas, sujetas a protección especial o en peligro de extinción). A la riqueza natural del parque nacional, se agrega el valor cultural de los monumentos históricos que pertenecieron a la orden religiosa de Las Carmelitas descalzas.
Parque Nacional Lagunas de Zempoala
La importancia de este parque nacional recae en la gran biodiversidad acuática de las lagunas que dieron origen a su nombre: Zempoala, Compila, Tonatiahua, Acomantla, Acoyotongo, Quila, y Hueyapan (varias de ellas están secas actualmente). Se extiende a lo largo de 4,790 hectáreas en los municipios de Ocuilan de Arteaga y Huitzilac, en los estados de México y Morelos. En su vegetación destacan los bosques de oyamel, pino y encino y existen 67 especies de plantas acuáticas, 61 de mamíferos, 231 especies de aves, 34 de reptiles, 8 especies de anfibios y siete de peces.
Las Lagunas de Zempoala surten un importante porcentaje del agua que se consume en Morelos. El parque cuenta con servicios turísticos básicos y es visitado por quienes gustan del ecoturismo, el campismo, el rappel, etc.
Parque Nacional Arrecifes de Xcalak
Se localiza en la costa caribeña del municipio de Othón P. Blanco, en Quintana Roo. En sus 18,000 hectáreas incluye diversos ecosistemas interdependientes (arrecifes de coral, humedales, lagunas costeras, playas y selva) que son altamente productivos y constituyen el hábitat de diversas especies animales y vegetales, algunas de ellas protegidas por las normas mexicanas e internacionales.
Sus arrecifes de coral albergan un amplio abanico de especies, el caracol rosado y la langosta, mientras que sus humedales son centros de reproducción principalmente de peces y crustáceos. Se han identificado 43 especies de corales, 98 de peces arrecifales, 74 especies de macroalgas, 31 de mamíferos (17 de ellas protegidas) y 27 especies de anfibios y reptiles. En el área hay 7 sitios arqueológicos entre Punta Gavilán y el poblado de Xcalak.
Meseta de Cacaxtla Área de Protección de Flora y Fauna
Por sus características topográficas, constituye un rico corredor biológico con ecosistemas de alta biodiversidad, y es uno de los pocos sitios de México que aún conserva sistemas ecológicos bien desarrollados de selva baja caducifolia, cuya gran captación de lluvias abastecen de agua a la región.
Sus humedales cumplen una vital función al conectar (al norte y al sur) a dos sitios Ramsar (humedales de importancia internacional), que son el Sistema Lagunar Ceuta y la Playa Tortuguera El Verde Camacho. Se asienta en los municipios de Mazatlán y San Ignacio en Sinaloa. En la meseta se han registrado 308 especies de aves, 6 de felinos, 8 especies de mamíferos medianos, 22 de anfibios, 48 especies de reptiles, 14 especies de peces agua dulce y varias más especies marinas en la franja costera. También existen alrededor de 290 especies de plantas vasculares.
Ciénegas de Lerma Área de Protección de Flora y Fauna
Están constituidas por humedales de agua dulce, localizados en la cuenca alta del Río Lerma al sureste de la ciudad de Toluca. Aún conservan sistemas ecológicos bien desarrollados, considerados como los últimos remanentes de los extensos humedales del altiplano central mexicano. Ocupan 3,023 hectáreas en los municipios mexiquenses de Lerma, Santiago Tianguistenco, Almoloya del Río, Capulhuac, San Mateo Atenco, Metepec y Texcalyacac.
Predomina la vegetación hidrófila e incluye tres cuerpos de agua separados entre sí, conocidos como Almoloya, Lerma y Atarasquillo, que presentan una alta diversidad de fauna y flora acuáticas, incluyendo decenas de especies endémicas (exclusivas de esta región) como el ajolote de Lerma, el atlapete Gorra Rufa, el bolsero Dorsioscuro y el mirlo Dorso Rufo, entre otras.
Existen más de 200 especies registradas de plantas, alrededor de 100 especies de aves, al menos 20 de mamíferos, 15 de peces, 8 de anfibios y reptiles y una gran variedad de especies de insectos. El área constituye también el hábitat invernal de más de veinte especies de patos y cercetas migratorias, y fue denominada como Sitio Ramsar (humedal de importancia internacional).
La Frailescana Área de Protección de Flora y Fauna
Esta área de 177,546 hectáreas constituye un importante corredor de vegetación que comunica a las Reservas de la Biosfera La Sepultura y El Triunfo, contribuyendo con ello a la conservación de más de la mitad de la Sierra Madre de Chiapas. Cuenta con bosques y chaparrales de niebla, pinares, encinares, bosques de pino-encino-liquidámbar y selvas altas y medianas perennifolias.
Está ubicada en los municipios chiapanecos de La Concordia, Ángel Albino Corzo, Villaflores y Jiquipilas. Entre una amplio grupo de especies destacan varias endémicas (chupaflor Canelo, zapotillo, encino Enano, planta de la Canasta, rana Ladradora Mexicana, ratón espinoso, culebra Perico Gargantilla, y el Murciélago Lengüetón de Xiutepec.